Chicago Cubs pada asalnya dikenali sebagai "Chicago White Stockings". Pasukan ini merupakan anggota National League (NL) pada 1876 dan memperoleh beberapa kejayaan. Pasukan yang dipimpin oleh Cap Anson meraih enam kejuaraan NL dalam sebelas penglibatan pertama pasukan. Sebelum mengguna pakai nama Cubs pada tahun 1903 (nama Cubs pertama kali diasosiasikan dengan pasukan ini pada tahun sebelumnya), pasukan ini telah menggunakan pelbagai nama seperti Colts dan Orphans. Musim terbaik Cubs hadir pada tahun 1906 apabila mereka mencatatkan 116 kemenangan dan merekodkan peratus kemenangan .763 walaupun pasukan ini berakhir dengan kekalahan kepada musuh tradisi Chicago White Sox dalam aksi Siri Dunia. Walau bagaimanapun, gelaran Siri Dunia pada tahun 1907 dan 1908 berjaya direbut oleh Cubs sekali gus menjadikannya pasukan pertama meraih dua gelaran Siri Dunia berturut-turut.

Pada tahun 1916, Cubs berpindah ke Weeghman Park (yang dibuka pada 1914) dan seterusnya, ia bertukar nama kepada "Wrigley Field" pada tahun 1926. Stadium Cubs tersebut kini masih digunakan dan menjadi stadium besbol kedua tertua (selepas Fenway Park milik Boston Red Sox yang mula digunakan pada 1912). Pada era 1910-an dan 1920-an, Cubs menempa sedikit pencapaian dengan merangkul kejuaraan NL pada tahun 1910 dan 1918. Dari tahun 1929 hingga 1938, Cubs mendominasi NL apabila meraih empat pennant (1929, 1932, 1935 dan 1938) hasil sumbangan pemadang tengah, Hack Wilson, catcher Gabby Hartnett, penjaga bes kedua Rogers Hornsby.

Setelah musim 1938, Cubs hanya meraih satu kemenangan musim sehingga tahun 1945 apabila mereka meraih kejayaan pennant NL. Pada tahun itu, aksi Siri Dunia dikenali sebagai “Curse of the Billy Goat” (versi cerita berbeza-beza). Pada aksi keempat Siri, pemilik pub Billy Sianis diapksa untuk meninggalkan Wrigley Field selepas beliau membawa kambing peliharaannya. Setelah pengusiran beliau, Sianis dikatakan telah membuat kutukan ke atas pasukan Cubs. Cubs kemudiannya tidak dapat beraksi di Siri Dunia buat selama lebih daripada 70 tahun.

Sejarah Cubs setelah tahun 1945 ditandakan dengan pelbagai nasib yang berbeza-beza. Pada tahun 1969, Cubs mendahului divisyen mereka (beraksi di NL Eastern Division) hampir seluruh musim. Hanya tinggal berbaki lapan perlawanan pada pertengahan Ogos sebelum musim berakhir tetapi Cubs akhirnya dipintas di belakang New York Mets yang akhirnya menjuarai Siri Dunia. Pada tahun 1984, Cubs dilihat berjaya mengakhiri kemarau Siri Dunia tetapi pada aksi penentu kejuaraan National League Championship Series (NLCS) menentang San Diego Padres, permainan ground ball melepasi kaki penjaga bes pertama Leon Durham sekali gus membolehkan Padres menewaskan Cubs. Pada tahun 2003, Cubs sekali lagi cuba mara ke acara Siri Dunia dan mereka berjaya mendahului tiga perlawanan ke atas Florida Marlins dalam NLCS. Hanya tinggal lima out sahaja lagi untuk mengesahkan tempat Cubs ke Siri Dunia tetapi Cubs terlepas peluang berharga apabila peminat menghalang usaha penangkapan bola oleh pemadang luar Moises Alou di berhampiran kawasan tempat duduk penonton lalu ia dikira sebagai pop foul (dikenali sebagai Peristiwa Steve Bartman). Cubs akhirnya tewas dalam permainan dan siri.

Walaupun berdepan kekecewaan, pada tahun 2008, Cubs menjadi pasukan kedua dalam sejarah Major League Baseball yang merekodkan 10,000 kemenangan. Dengan pimpinan pengurus Lou Piniella, penjaga bes pertama Derrek Lee, penjaga bes ketiga Aramis Ramírez, pemadang luar Alfonso Soriano, catcher Geovany Soto (yang meraih Anugerah Rookie Terbaik pada 2008) dan pelempar Ryan Dempster, Carlos Zambrano dan Ted Lilly, Cubs meraih dua kejuaraan NL Central Division berturut-turut pada 2007 dan 2008 buat kali pertama dalam tempoh 100 tahun buat pasukan ini mara ke pusingan playoff dalam dua musim berturut-turut. Pada 2009, Cubs meraih musim kemenangan tetapi tersingkir daripada aksi playoff. Menjelang musim berikutnya, Cubs melangkah ke tempoh kekalahan yang berpanjangan.

Pada tahun 2011, Cubs membawa masuk pengurus am Theo Epstein, yang pernah memimpin pasukan Boston Red Sox menamatkan kemarau 86 tahun pada tahun 2004. Epstein merombak Cubs dengan pemain-pemain muda antaranya penjaga bes ketiga Kris Bryant dan penjaga bes pertama Anthony Rizzo. Pada tahun 2015, Cubs mencatatkan kemaraan yang tidak dijangka ke postseason apabila mereka tewas kepada Mets dalam NLCS. Pada tahun berikutnya, Cubs mencatatkan 103 sekali gus meletakkan rekod kemenangan tertinggi diraih oleh Cubs dalam kurun ini. Cubs selanjutnya berjaya merangkul kejuaraan divisyen. Dalam aksi postseason, Cubs memenangi NLCS dan berjaya menempah tiket ke Siri Dunia buat kali pertama semenjak tahun 1945. Cubs akhirnya menoktahkan kemarau selama 108 tahun apabila mengatasi cabaran Cleveland Indians 3-1 untuk melakar kejuaraan pertama Siri Dunia.

Pada tahun 2017, Cubs mencatatkan rekod pertama dalam sejarah pasukan apabila mara ke NLCS buat kali ketiga berturut-turut sebelum mereka disingkirkan oleh Los Angeles Dodgers. Chicago mara ke pusingan playoff keempat berturutan pada tahun 2018 tetapi berakhir dengan kekalahan dalam aksi Wild Card. Cubs merosot kembali pada tahun 2019 dengan hanya meraih 84 kemenangan dan terlepas aksi playoff pada penghujung musim apabila Cubs berdepan lima kekalahan berturut-turut pada minggu terakhir musim. Pada musim 2020, apabila kempen dipendekan akibat pandemik COVID-19, Cubs kembali ke pusingna playoff tetapi tertewas dalam aksi Wild Card. Kemudian, Epstein mengambil keputusan untuk meninggalkan pasukan. Walaupun Chicago memulakan musim dengan baik pada 2021, satu siri kekalahan berpanjangan telah meleburkan harapan pasukan untuk layak ke postseason dan ia menyebabkan Cubs terlepas beberapa tonggak utama seperti Rizzo dan Bryant.